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 retour d'expérience tricarb2810 ?

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MessageSujet: retour d'expérience tricarb2810 ?   Lun 31 Jan 2011 - 18:03

Bonjour,
Mon labo (recherche en physiologie moléculaire des plantes, utilisant P-32, S-35, H-3 et Fe-55) vient de remplacer son vieux compteur à scintillation liquide par un Tricarb2810 comportant l'option Comptage en Mode Haute Sensibilité (HSCM en perkin-langue). Est-ce que des amis clowns, par le plus heureux hasard, utiliseraient déjà ce modèle ? Si oui, peuvent-ils me conseiller sur cette fameuse option HSCM pour des activités inférieures à 500 cmp, par rapport aux comptages "ordinaires" avec correction de quenching (sur laquelle j'ai déjà beaucoup appris sur ce forum, Merci Merci ) ?
Concrètement : pour certains utilisateurs qui mènent des expérimentations assez détaillées en utilisant du Fe-55, est-ce que cette option leur permet d'obtenir un degré de précision supérieure ? Et pour moi en tant que PCR, est-ce qu'une mesure de frottis de surface est plus rassurante si elle sort "non différente" du bruit de fond si c'est avec un protocole qui utilise cette option ?
Autrement dit : Oh là là, que c'est difficile, le progrès !

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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Mer 18 Mai 2011 - 11:58

Malgré l’absence de réponse à ma question, je voudrais que nos semaines de tâtonnements (et parfois de désespoir) ne soient pas perdues pour tout le monde, c’est pourquoi je publie notre retour d’expérience pour l'achat du tricarb 2810.
En fait, le problème ce n’était pas l’option Haute Sensibilité : dans un laboratoire de physiologie végétale à l'INRA, son utilité se réduit à donner plus de poids aux présomptions de non-contamination. Finalement, on peut s'en passer.
Le choix le plus déterminant, c'est celui de l’option qui permet d'afficher les résultats en DPM.
En bons biologistes un peu radins et pas très portés sur la métrologie, nous avions été séduits par l’intitulé (et le tarif) de l’option « direct DPM ». Grave erreur ! C'est l'option « Single / Dual / Color » qui est réellement indispensable. Sans elle, pas de calcul du DPM et pas d’enregistrement de nouvelles courbes de quenching.
Qu'on se le dise !
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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Mer 18 Mai 2011 - 13:53

Merci pour ce retour, C Lambert.
Il faut dire qu'il n'y a pas encore beaucoup d'expert en scintillation liquide sur le forum.
Si jamais tu a un peut le temps, serait-il possible que tu explique un peut ce que sont les options DPM, et Single/dual/color, et leurs intérêt? (je serai moins bête et en plus ça pourra peut être aider des clowns futur.)
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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Mer 18 Mai 2011 - 16:55

Attention, je ne prétends pas au titre d'expert en scintillation liquide affraid
Au départ je n'y connais même rien, à part les bases : les liquides scintillants, les photo-multiplicateurs etc. Dans mes formations de PCR-P (initiale et recyclage), j'ai appris l'existence du quenching en tant que phénomène d'atténuation de la lumière, dont il faut tenir compte pour convertir les mesures (CPM = "coups par minute") en activités (DPM = "désintégrations par minute"). Enfin je savais que le paramètre de quenching était extrait d'une courbe de quenchinq, elle-même constituée par les mesures des différents éléments d'une gamme (une activité identique, plus ou moins brouillée par réaction chimique, turbidité ou coloration) ...

J'ai surtout découvert que la correction de quenching n'était pas simple, mais alors pas du tout. Je n'ai pas le temps de développer le rôle du standard externe (la petite source scellée qui vient au contact de la fiole en début de mesure), ni la notion d'efficacité de comptage, je laisse à mes amis artistes le soin d'enregistrer ces mots-clefs dans leur moteur de recherche préféré. Il faut juste retenir que, pour qui voudrait obtenir l'indication des activités contenues dans ses échantillons, les performances informatiques du compteur sont déterminantes. Les options du Tricarb que j'ai indiquées ("direct DPM" et "Single/dual/color") ne sont que des noms de sous-programmes de traitement des mesures.

Notre expérience avec "Direct DPM" est plutôt désastreuse : aucun de nous (techniciens, chercheurs ou doctorants) n'a jamais réussi à comprendre comment ça marche, et n'a jamais obtenu l'affichage d'une seule mesure en DPM avec ce machin-là !

L'option "single/dual/color" est appelée ainsi parce qu'elle permet de mesurer les activités pour une seule fenêtre d'énergies (= "un seul élément" = "single") ou deux fenêtres à la fois (= "deux éléments en mélange dans la fiole" = "dual") et même si le liquide est coloré ("color"). Malgré son nom un peu snob, c'est elle qui permet le calcul et l'affichage des valeurs en DPM, c'est à dire la prise en compte du quenching, soit à partir des gammes pré-installées, soit à partir de gammes préparées et enregistrées par nous-mêmes (exemple : échantillons plus ou moins chargés en amidon, ou en chlorophylle), nous venons enfin de la faire installer sur notre nouveau Tricarb, nous pouvons enfin cesser de bricoler cheers

Pour finir, voici un petit rappel à l'usage de mes collègues biologistes : le paramètre de quenching le plus fréquemment utilisé, le "tSIE" (Transformed Spectral Index of the External standard) varie de 0 à 1000. Un tSIE de 1000 c'est parfait ; zéro c'est de la peinture noire ; en-dessous de 300 la mesure n'est pas fiable, entre 300 et 800 c'est tout à fait honorable. Ces précieuses valeurs-repères m'ont été aimablement indiquées par des artistes du chapiteau que je remercie chaleureusement !
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SW
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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Mer 18 Mai 2011 - 18:39

Citation :
Pour finir, voici un petit rappel à l'usage de mes collègues biologistes : le paramètre de quenching le plus fréquemment utilisé, le "tSIE" (Transformed Spectral Index of the External standard) varie de 0 à 1000. Un tSIE de 1000 c'est parfait ; zéro c'est de la peinture noire ; en-dessous de 300 la mesure n'est pas fiable, entre 300 et 800 c'est tout à fait honorable. Ces précieuses valeurs-repères m'ont été aimablement indiquées par des artistes du chapiteau que je remercie chaleureusement !

Bonsoir,

Merci pour tes retours, Cécile.

Ceci est vrai pour des échantillons purement liquides si je peux m'exprimer ainsi, mais lorsque nous essayons de compter des frottis effectués dans des conditions un peu sales, pour rester poli, par exemple dans une soute de déchets, il se peut que l'indice de quenching (le tSIE) soit bien en-dessous de 300. 300, c'est un tSIE quasi excellent pour un frottis dissous dans le liquide scintillant avec de la crasse inside.
Nous avons une courbe de quenching (correspondant à une courbe d'étalonnage Rendement détection radionucléide = fct(tSIE) issue d'un traitement statistique de nos mesures) construite à partir de standards "quenchés" et on peut donc descendre assez bas pour le tritium et le carbone14.
Ensuite, concernant le tritium (H3), j'avoue humblement que je ne sais pas dire la vraie validité de la mesure. Si on ne détecte que 2 % des bêtas émis du H3...

C'est un sujet passionnant, que je n'ai qu'occasionnellement le temps d'approfondir pour ma part.
Avec le tricarb en notre possession, nous mesurons toujours les CPM et remontons à l'activité par "post-traitement" de ces comptages.

@+

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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Jeu 19 Mai 2011 - 9:13

SW a écrit:
300, c'est un tSIE quasi excellent pour un frottis dissous dans le liquide scintillant avec de la crasse inside.

Salut SW, contente de te retrouver sur le délicat sujet du bon usage d'un tricarb What a Face

Bien sûr, nous aussi, nous avons des recoins immondes - quoique, du haut de mon grand âge, je me plaise à terroriser les doctorants et post-docs (mes victimes préférées) pour les inciter à passer le chiffon sur les sols et étagères ... mais il arrive tout de même que les frottis soient un peu noirs. Je minimise de deux manières. D'abord j'utilise les plus petits bouts de filtres possibles, en microfibres de verre, diamètre 4,25 cm. D'autre part je réduis les surfaces frottées et je compense en augmentant le nombre de frottis.

C'est en conditions expérimentales que nous avons eu des tSIE inférieurs à 300, principalement à cause de la chlorophylle contenue dans les échantillons. Jusqu'à présent il était difficile d'estimer la validité de cette estimation (pardon pour la sémantique, c'est le matin Sleep ), puisque la référence-machine n'avait rien à voir avec la couleur verte, d'où la nécessité d'un logiciel permettant d'enregistrer nos propres courbes de quenching. En parallèle, nous essayons d'améliorer le protocole expérimental : acide perchlorique et eau oxygénée à 50°C over night ... pericoloso mais gérable.
Comment faites-vous pour "remonter à l'activité par post-traitement" des comptages ? Vous multipliez systématiquement les CPM par deux ? lol!

Dernière réponse à ta réponse : c'est quoi, cette histoire de tritium dont on ne détecte que 2% des bétas ? Est-ce que c'est dans toutes les circonstances (liquides, matériel biologique ou frottis) ? Je n'ai jamais été mise en garde contre ce biais, et c'est un peu embêtant ...

Très bonne journée

Cécile

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SW
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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Jeu 19 Mai 2011 - 12:45

Bonjour Cécile,

Citation :

Comment faites-vous pour "remonter à l'activité par post-traitement" des comptages ? Vous multipliez systématiquement les CPM par deux ?

Nope, la formule figure dans le document que je t'avais envoyé.
Dans le cas d'un frottis : A surfacique (Bq/cm2) = (comptage brut en cpm - comptage bdf en cpm) / (60* rendement de frottis (0.1) * rendement de détection (sur 4 pi) * Surface frottée en cm2)

Citation :
Dernière réponse à ta réponse : c'est quoi, cette histoire de tritium dont on ne détecte que 2% des bétas ? Est-ce que c'est dans toutes les circonstances (liquides, matériel biologique ou frottis) ? Je n'ai jamais été mise en garde contre ce biais, et c'est un peu embêtant ...

Non, c'est dans le cas le plus pénalisant de nos standards H3 quenchés, le pire donne un tSIE < 50 et un rendement de détection < 2 %. Je m'interrogeais sur la validité d'une telle valeur, c'est tout. Ce n'est pas du tout une généralité.

Bonne journée.

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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Jeu 19 Mai 2011 - 13:49

Tout à fait d'accord avec ta formule, SW.

Ma question était plus ciblée : comment est-ce que tu évalues ton rendement de détection ? C'est à ce niveau qu'intervient la correction variable de quenching en complément du rendement de l'appareil qui est constant pour chaque radionucléide. L'idée de multiplier les CPM par deux, ce n'était pas complètement de la blague, parce que la plupart de nos mesures donnent un facteur 2 entre les CPM et les DPM. J'ai du mal à imaginer que vous corrigez chaque mesure "à la main", en fonction de son tSIE, à partir de vos courbes de quenching-maison. Mais peut-être que vous avez peu de mesures ... ou que vous êtes très courageux !

Merci pour ta réponse à propos des 2% en tritium. Je suis désolée pour toi mais bien rassurée pour moi. Je pense qu'avec un tSIE inférieur à 50 tu ne peux vraiment plus interpréter ta mesure. Une solution toute bête, pour diminuer la saleté, m'avait été suggérée pendant ma dernière formation : enlever la poussière avec un chiffon sec avant de faire le frottis. Évidemment, le chiffon part à la poubelle tritium, mais il n'a pas enlevé beaucoup d'activité, le frottis reste représentatif. Tu peux aussi doubler ton rendement de frottis en humectant tes petits bouts de papier-filtre, ce n'est pas négligeable.

Bonne chance !

Cécile

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SW
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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Jeu 19 Mai 2011 - 14:59

Intéressante, la méthode.

Les tSIE < 50 sont assez rares, ça tourne plutôt autour de 100-150, ce qui est déjà bien assez compliqué. Je citais l'échantillon le plus quenché de nos standards H3.

Le rendement est évalué grâce au tSIE de la mesure elle-même et aux courbes de quenching qui je le rappelle donnent R = fct (tSIE). On a un rendement de détection par mesure.
C'est un modèle mathématique à appliquer, donc peu importe le nombre de mesures dans un tableur, ça va tout seul.
Sachant que l'on n'a de telles courbes que pour le H3 et le C14, et que dans le doute (si les deux radionucléides sont susceptibles d'être présents) si le spectre n'est pas assez explicite (des fois pour différencier un H3 moyennement quenché d'un C14 très quenché, bon courage), on considère de façon forfaitaire que c'est du H3. À voir une dizaine d'années plus tard si on avait raison (humour). Very Happy

Nous avons aussi un autre appareil (pas un tricarb) doté de 3 PM et sans de source radioactive externe qui peut ainsi calculer le rendement de détection de la mesure en faisant le ratio entre les triples et doubles coïncidences. C'est une théorie assez complexe que je serai bien incapable de vous démontrer, mais ça marche plutôt bien.

@+

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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Jeu 19 Mai 2011 - 15:54

SW a écrit:

Le rendement est évalué grâce au tSIE de la mesure elle-même et aux courbes de quenching qui je le rappelle donnent R = fct (tSIE). On a un rendement de détection par mesure.
C'est un modèle mathématique à appliquer, donc peu importe le nombre de mesures dans un tableur, ça va tout seul.
Eeeeeh ouais. C'est à des petits détails comme ça qu'on fait la différence entre une vieille botaniste et un jeune matheux clown
J'ai cherché une machine avec une option capable d'appliquer le modèle à ma place, justement pour m'épargner l'angoisse de la formule excel. Le calcul automatique de décroissance m'avait déjà donné assez de mal ... (et j'ai même pas honte Rolling Eyes )

Encore bravo et encore merci pour ton document, tes dernières précisions, et tout.

À la prochaine

Cécile
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SW
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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Jeu 19 Mai 2011 - 21:51

Hé hé, c'est mes profs de maths qui doivent entendre leurs oreilles siffler... Very Happy

Plus sérieusement, évidemment ça ne correspondra pas à des mesures effectués sur ta machine, mais je peux te procurer à titre d'exemple le tableur (si d'aventure tu peux lire les tabeurs de "fenêtres") où figurent les équations préparées par mon collègue "statisticien" (lui c'est un vrai malade Smile ).

La fonction de courbe de regression d'excel n'était pas assez puissante pour modéliser de façon satisfaisante nos points de mesure. Il s'est servi d'un autre outil.

Si ça t'intéresse ou quelqu'un d'autre, je lui demanderai s'il est OK pour partager.

Et merci à toi pour la méthode de pré-nettoyage. J'en avais déjà entendu parler, mais ça ne coûte rien de savoir que certains l'utilisent.

@+

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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Ven 20 Mai 2011 - 11:01

Immense respect pour les gens capables de réaliser des ajustements non-linéaires. Dans ma jeunesse j'ai rencontré des sigmoïdes cabossées qui m'ont bien fait souffrir drunken

Mais voyons si j'ai bien compris, reprenons pas à pas le processus de correction de quenching. Tout d'abord, pour chaque point de ta gamme, tu relèves le pourcentage d'efficience (mesure réelle / activité réelle) et le rapport du standard externe (par exemple tSIE), ce qui te donne une courbe de conversion caractéristique de l'échantillonnage : radionucléide, substance quenchante et mélange scintillant. Le vieux manuel de référence que j'ai trouvé dans la bibliothèque de mon Labo (Donald L. Horrocks, 1974) donne quelques courbes en exemple, et sur celle du tritium je retrouve ton indication comme quoi le rendement tombe au-dessous de 5% pour les tSIE inférieurs à 200.

C'est donc cette courbe que vous avez modélisée pour calculer automatiquement l'efficience à partir du tSIE, c'est à dire le facteur par lequel il faut multiplier les CPM pour les convertir en DPM. Et c'est une formule de régression équivalente que l'on achète avec l'option "single dual color" du Tricarb. N'est-ce pas ?
Pour mon labo c'est trop tard, nous avons installé l'option et nous allons nous laisser assister par la machine affraid ... mais si ton collègue statisticien accepte de partager son modèle avec d'autres clowns, il est très généreux car l'option vendue par PerkinElmer n'est pas donnée. Bien sûr, l'option de Perkin apporte, en plus de la formule, le confort d'une présentation de données "toutes cuites", ainsi que la possibilité de stocker toutes les gammes que l'on veut ... mais ce n'est pas grand chose pour des scientifiques un peu courageux.

En tout cas, il faudrait vraiment que les formations de PCR-P consacrent à la correction de quenching un peu plus de temps qu'elles ne le font actuellement.

Bonne journée

Cécile

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SW
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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Ven 20 Mai 2011 - 12:49

Citation :
Mais voyons si j'ai bien compris, reprenons pas à pas le processus de correction de quenching. Tout d'abord, pour chaque point de ta gamme, tu relèves le pourcentage d'efficience (mesure réelle / activité réelle) et le rapport du standard externe (par exemple tSIE), ce qui te donne une courbe de conversion caractéristique de l'échantillonnage : radionucléide, substance quenchante et mélange scintillant. Le vieux manuel de référence que j'ai trouvé dans la bibliothèque de mon Labo (Donald L. Horrocks, 1974) donne quelques courbes en exemple, et sur celle du tritium je retrouve ton indication comme quoi le rendement tombe au-dessous de 5% pour les tSIE inférieurs à 200.

C'est ça.

Citation :
C'est donc cette courbe que vous avez modélisée pour calculer automatiquement l'efficience à partir du tSIE, c'est à dire le facteur par lequel il faut multiplier les CPM pour les convertir en DPM. Et c'est une formule de régression équivalente que l'on achète avec l'option "single dual color" du Tricarb. N'est-ce pas ?

Je suppose. Là-dessus, je ne sais pas trop.
Le modèle n'est évidemment valable que pour la série d'échantillons et l'appareil considérés. Il n'est pas utilisable dans un autre cas. C'est pour cela qu'on a refait toutes les courbes lorsque notre appareil a été maintenu l'an passé et a été "upgradé" par la même occasion.

Citation :
En tout cas, il faudrait vraiment que les formations de PCR-P consacrent à la correction de quenching un peu plus de temps qu'elles ne le font actuellement.

Oui, mais il faudrait pour cela des formations beaucoup plus ciblées selon les activités de chacun. Mais, ne connaissant pas tout ce qui existe sur le "marché", je ne lance pas un débat.

@+

SW





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MessageSujet: Re: retour d'expérience tricarb2810 ?   Ven 20 Mai 2011 - 14:13

En fait, il faudrait pouvoir formaliser toutes sortes de courbes, c'est ça ? Ou alors il "suffit" d'extrapoler numériquement les points d'observation, ce que fait sans doute l'option du commerce. Je retire toutes mes vilaines paroles sur PerkinElmer Embarassed

À propos d'une formation plus technique sur les corrections de comptage en scintillation liquide, tu as raison, il faudrait cibler suivant les activités des labos. En tout cas ce serait indispensable dans le milieu de la recherche en biologie moléculaire. On y pratique une simplification extrême du problème : les surfaces doivent être propres, donc il n'y a pas de quenching ; tout contrôle donne une réponse de type "bon" (mesure = bruit de fond), ou "mauvais" (mesure > 2 fois le bruit de fond) ; et les activités initiales sont évaluées à la tractopelle. L'an dernier à Aix en Provence, pendant la journée d'échanges organisée par l'ASN - Marseille, j'ai eu l'impression que ces procédés recevaient la bénédiction des autorités de contrôle. Mais je ne suis pas sûre que cela reste possible encore longtemps. Alors autant anticiper, pas vrai ?

Amitiés

Cécile
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